Tak hanya penumpang, awak kapal pun tidak diperkenankan mengendarai kapal jika suhu tubuhnya di atas 38o C. Selain itu, ada pembatasan jarak 1 meter dengan tanda garis kuning di lantai untuk setiap tempat antrian mau ruang tunggu. Pihak pengelola kapal diwajibkan melakukan penyemprotan disinfektan sebelum keberangkatan. Untuk muatan penumpang, tidak diperbolehkan melebihi 50 persen jumlah kursi penumpang yang ada. Bila penumpang memasuki kapal menggunakan bus, maka bus disyaratkan harus lolos ramp check.
Khusus untuk kapal laut, pembatasan yang diizinkan untuk diangkut menurut Permenhub terbatas pada ASN, anggota TNI/POLRI, petugas medis/kesehatan dan relawan penanganan dan penanggulangan Covid-19. Keempat komponen itu diharuskan untuk menunjukkan surat tugas.
Dalam masa PSBB ini, kapal penumpang diizinkan untuk mengangkut kargo yang berisi logistik dukungan penanganan dan pencegahan Covid-19 serta bahan kebutuhan pokok atau kebutuhan penting lainnya. Hal ini berlaku bila ada keterbatasan jumlah kapal kargo yang boleh memasuki suatu daerah yang telah berstatus PSBB.