Menurut Johannes, ada ketidaksinkronan pasal yang terdapat dalam Permen PANRB tersebut. Pasal 5 ayat (2) menyatakan bahwa kode etik dan kode perilaku dari pegawai ASN yang tertuang dalam huruf e menyatakan, melaksanakan tugasnya sesuai dengan perintah atasan atau pejabat yang berwenang sejauh tidak bertentangan dengan ketentuan peraturan perundang-undangan dan etika pemerintah.
“Ini tidak cocok sama sekali, maka perekrutan dan pemberhentian para dosen di perguruan tinggi itu tidak boleh dengan cara yang digunakan kepada ASN. Kita punya ukuran sendiri dan itu merupakan otonomi dari perguruan tinggi,” ujar Johannes.
Otonomi berarti institusi perguruan tinggi haruslah independen dari negara. Perguruan tinggi harus dimurnikan dan dilepaskan dari pengaruh kekuasaan, seperti politik dan ekonomi. Pemberlakuan peraturan ini secara tidak langsung mengabaikan karakter dan keunikan perguruan tinggi dalam membuat kebijakan.
Akibat diberlakukannya Permen PANRB No.1 Tahun 2023, dosen harus mematuhi perintah dari pejabat yang berwenang. “Meski punya pendirian pribadi, tetapi dosen tidak bisa independen. Dosen harus sesuai perintah dan harus melaksanakannya,” ujar Johannes.
Kemudian Pasal 9 ayat (1) mengatur bahwa pegawai ASN melaksanakan kebijakan yang ditetapkan oleh pimpinan instansi pemerintah. “Ini adalah dua hal yang harus dibenahi, itu amat berbeda antara perguruan tinggi yang melanggar penyelenggaraan pendidikan tinggi dengan birokrasi pemerintah,” kata dia.
Johannes menekankan karakter dari dosen sebagai insan di perguruan tinggi, itu harus diperhatikan karena berbeda dengan pegawai ASN yang memang bertugas mengurus birokrasi pemerintahan.
“Ini menurut saya jadi telaah kita bersama dan semoga nanti ketika Permen PANRB No.1 Tahun 2023 ini di revisi harus masuk ketentuan tentang pendidikan termasuk perguruan tinggi,” harapnya.
Sejatinya perguruan tinggi tidak bisa diatur secara kaku agar perguruan tinggi mampu menjadi konglomerasi pengetahuan yang adaptif serta memberi dosen kebebasan dan insentif untuk maju dan berkembang dengan tujuan pribadi dan tujuan perguruan tinggi dengan cara yang fleksibel.